CE 2370年，第一次改造者战争结束200余年后，与Xenomorph的武装冲突开始了。语速飞快的飞行员们很快将“Xenomorph”简化为“Xenon”。
很快，人们就发现这些飞船并非是由外星生命制造的，而是曾经的改造者。第二舰队的后代在迭代演化中逐渐变成了眼前的Xenon。这些改造者——或者说Xenon，在漫长的迭代演化后，变得几乎无法辨认了。
在接下来的几个世纪当中，与Xenon的冲突日渐频繁，但是规模都不大，和当年在地球和Taurus的改造者战争相比完全不值一提。但是年轻的Argon联邦和他们的盟友都没有意识到Xenon正在以极快的速度蔓延，吞没了一个又一个星区和行星系统。
几百年过去，Argon联邦各行星邦之间达成了和平协议。随后，未来的CoP所有缔约种族都联合起来一致对外——Xenon正在继续蔓延，甚至开始占领一些不宜居的星区和行星系统。
尽管Xenon在被“激怒”的时候会做出一些防御反应，但是它们看起来并没有对CoP发起大规模进攻的计划。但是Argon的AGI专家指出，Xenon有能力在数个世纪的时间当中策划一场极为精密的战争。
CE 2905年，第一次改造者战争结束735年后，Xenon的活动开始增强。人们相信，这与来自地球的试验飞船“X”的到达有关。这条飞船由Kyle William Brennan驾驶，他与USC X在一次意外后跳跃到了CoP所属的星区。Xenon和CoP的很多势力都不惜一切代价想要得到X。最终Kyle Brennan来到了Argon Prime，未能得手的Xenon对整个CoP核心星区发动了大规模进攻。
Argon已经建立起了强大的武装力量，这使得他们和盟友没有重蹈第一次改造者战争中的地球的覆辙。Argon的经验是唯有强有力的武力对抗才是阻止机器威胁的唯一手段。CoP所有核心星区周围一定半径内所有的Xenon都必须被剿灭。CE 2912年/NT 742年，在Brennan到达CoP的四个月后，这个目标终于实现。在漫长的对峙后，Xenon终于在CoP的挤压下撤退到了一些很偏僻的星区当中。
在Paranid和Split代表团的强烈呼吁下，ICSCS决定彻底消灭Xenon这一威胁，Argon保持中立，而Boron则基于朴素的伦理价值观反对这一计划，并且制订了一项紧急计划防止这些机器生命的“灭绝”。他们提议将一些偏远星区划拨给Xenon，其中还有三个曾经隶属于Boron王国的行星系统和其他一些对CoP没有多少价值的可以剥离的星区。当Xenon被全数赶进这些星区之后，通往这些星区的跳跃门将被关闭。
Xenon在古老的TF/CPU #efaa和#deff的带领下，引爆了一颗超新星，警告CoP停止一切敌对行为。
CE 2913年/NT 742年，Elena Lindisfarne Kho成功登上了TF/CPU #efaa。Elena是第二个到达CoP的地球人，也是这条TF/CPU的发现者。但是很显然，这台古老的机器在所有方面都表现出它已经具备了“自我意识”。在它自己看来，它已经是一种太空生命。#efaa提出议案，它承诺Xenon不会主动攻击任何生命体，但是CoP也应当允许它安全撤退到Boron王国提供的保护区当中。