CE 2932年，Jonferson-Nehla科考队在一条TF/CPU中发现了一个冷冻舱，这就是几个世纪前Marteen Winters为自己建造的休眠设施。Winters成功地活了下来，并且与Jonferson、Nehla和Tebathimanckatt一起回到了CoP。
CoP此时正在遭受内部的政治与经济危机。Winters借机提议CoP重启改造者计划。但是CoP所有成员都对此缺乏兴趣。Winters失望之下转投Beryll。Beryll是一个专门窃取、倒卖尖端技术的犯罪团体，他们的幕后支持者实际是Yaki。Beryll同意向Winters提供几乎无限的资源以换取Xenon的技术资料。这个协议得到了完美的执行，但是在大多数星区这都是非法行为。Winters也因为它的计划沦为了一名罪犯。
随着Argon联邦与GEOSS的外交关系持续恶化，Argon在技术远远落后于太阳系的情况下，只能借助于改造者计划才能扳回一些。但是Winters已经加入了Beryll并且开始在太阳系内活动，无奈之下，Argon联邦密勤也在太阳系内展开了对Beryll的秘密行动。
第二次改造者战争期间海王星轨道上的战斗（图像回收自数据仓库）
事情很快脱离了计划的轨道，对地球的秘密活动很快演变成了全面战争。在第一次改造者战争的800年后，第二次改造者战争爆发。这次出现的并非有自主意识的机器，而是装备了强大的武器、M/AM引擎和跳跃引擎的战争工具。这次战争以所有的改造者单位被引向一个通往黑洞的跳跃门而告终。
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