数十年后，人类的经济与科技水平达到了空前的高度，改造者计划早已变成了历史文档中的一页死气沉沉的记录，人类早已忘掉了这些机械舰队。
历史学家和科学家相信，就算是那些最遥远的改造者舰队也已经收到了软件升级和SSD指令，并且按照指令安全自毁。现在人类手上已经有了14个宜居的地外殖民地，应付接下来几个世纪的扩张都显得绰绰有余，人们认为改造者计划早就不再必需。
CE 2145年1月2日，太阳系的跳跃门突然被激活了，6条TF/CPU和上百个重型改造者单位出现在太阳系，以极快的速度摧毁了火星殖民地。CE 2146年，改造者舰队开始攻击地球。在改造者看来，这是一种对“宜居行星”的“改造”行动。
CE 2146年，改造者舰队袭击地球（图像回收自数据仓库）
改造者舰队拒绝了一切外部中断指令。而对于地球来说，对改造者舰队实施武装对抗简直是以卵击石——整个USC战斗序列当中只有23条堪用的战舰，这些战舰已经被弃置于地球轨道上几十年了，维护状况极为糟糕，要为她们配齐舰员更是难比登天。
很显然，这些改造者已经在某些程度上出现了一些“进化”的迹象。这些飞船与当年在太阳系建造时的样子已经不同，人们发现，这些入侵者并非预想中的第二舰队，而是第二舰队在迭代了十几代后新建造的“后裔”。
当23条破旧的USC战舰在训练和编制严重不足的舰员的驾驶下接近六条TF/CPU的时候，最可怕的事情发生了：TF/CPU认为自己受到了威胁，它们立即启动了防御机制，并且迅速切换成进攻状态。尽管原始的改造者设计方案并不包含作战装备、制定和执行战略战术的能力，但是随着任务目标偏移，这些未被规划的功能出现在了改造者舰队身上。即便是最激进的AGI专家也没能预料接下来发生的惨剧：17条USC战舰在一击之下便被全部摧毁。
USCSS Dragonfyre是幸存的6条战舰之一，她的指挥官是前SAR飞行员Nathan R. Gunne。在接下来几周的战斗当中，Gunne将展示他出色的战略眼光。
USCSS Dragonfyre（图像来自Sohnen计算设施）
改造者没有使用传统意义上的“武器”，而是修改了小行星的轨道，使它们撞向地球。其中最大的一颗直径接近1km，击中了北美洲的中央地区。这次撞击的后果类似于6500万年前导致恐龙灭绝的小行星撞击事件。
改造者舰队对地球实施轨道轰炸（图像回收自数据仓库）
在最初的两周内，死亡人数高达6.5亿人。战争结束后的数年间，还有八倍于此的人口死于饥荒和疾病。
一群AGI专家在改造者原始蓝图的基础上制造了一个假的AGI核心，USCSS Dragonfyre搭载了这个假核心，当假核心激活后，地球上的冲突很快就得到了缓解。改造者舰队开始跟随USCSS Dragonfyre。Nathan R. Gunne指挥USCSS Dragonfyre通过跳跃门离开了太阳系，身后是大批跟随的改造者。