第二舰队出发后，要求终止改造者计划的呼声越来越高。人们认为在太空中部署具有自我复制能力的VN机是对银河系中可能存在的智慧生命的重要威胁。
而数学家和程序员则指出了另一个潜在的威胁——目标偏移。在机器迭代的过程中，它们不一定会严格遵从最初的程序设定。在重编程的过程中，任务执行目标会发生偏移，而这种偏移会逐步累加，导致机器执行一些完全不可预料的任务。对于AGI来说，在漫长的时间中，目标偏移的问题几乎不可避免。
在支持改造者计划的声音中，最有影响力的来自Marteen Winters博士。他在CE 2096到2098年间担任第三代TF/CPU #deff的首席工程师。Winters力挺改造者项目，指出改造者为人类带来的巨大的经济与社会收益。他最终劝服部分专家接受了他的观点，这些专家为改造者做出了安全性方面的证明。
但是，岛谷菜美子领导下的GEOSS专家委员会却并不认可他的努力。CE 2099年，在第三舰队出发前不久，GEOSS签署通过了终止改造者计划的行政命令，并立即生效。
行政命令不仅要求改造者计划立即终止，还要求摧毁已经部署的改造者舰队。但是执行委员会提出了两个问题：第二舰队已经迭代到了第七代，具体数量和位置不明；其次，改造者软件并不包含自毁的协议。
岛谷菜美子在确认了改造者软件没有自毁协议之后，立即下令升级改造者的软件，将自毁协议加入其中。软件补丁准备完成后，它们将通过信使无人机送达已知位置的改造者单位。这份软件同时具备一些计算机病毒的自我传播特性，该补丁可以通过TF/CPU传递给其他的改造者单位。
当软件补丁就绪后，地球的改造者任务指挥中心向第一和第二舰队发出了SSD指令（Safe Self Destruction，安全自毁指令）。在火星轨道等待发射的第三舰队也收到了SSD指令，根据预计，最远的改造者单位将在大约25年后接到SSD指令。
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